佛珠最早發(fā)現(xiàn)在北京房山山頂洞人遺址，這里出土了距今約1萬(wàn)多年的舊石器時(shí)代原始人所生產(chǎn)的“珠串”。山頂洞人所佩戴的首飾，是用有穿孔的獸牙、貝殼、小石珠、鯇魚(yú)眼上骨等串連而成。這些形態(tài)各異的骨、石飾件就是山頂洞人的“護(hù)身符”，將各式各樣的珠子穿起來(lái)，作為頸飾佩戴。

后來(lái)到了商周時(shí)期，玉文化已經(jīng)發(fā)展到一定程度，玉石骨器的制作也極其發(fā)達(dá)。周代的貴族以玉、石、瑪瑙等珍貴材料穿成串，稱做“禮玉”，用來(lái)佩戴以顯示其身份或地位。這種習(xí)慣到秦漢以后式微，但似乎仍然有所傳承。“珠串”這種用較有價(jià)值的材料通過(guò)貫穿絲線（有的還飾以瓔珞）來(lái)作為裝飾的形式，因制作簡(jiǎn)易而在歷代貴族中十分流行。直到魏晉、隋唐時(shí)期佛教在中土發(fā)展并興盛起來(lái)，一種叫“佛珠”的宗教用品在寺院甚至社會(huì)上也逐漸流行。佛珠遂成為與本土珠串文化發(fā)展并行不悖的飾件及用品。

按照佛教記載，佛珠最早誕生于古印度，但古印度早期佛教卻沒(méi)有使用佛珠，見(jiàn)于記載的佛珠使用始于公元2世紀(jì)左右。中國(guó)有關(guān)佛珠的最早記載是《續(xù)高僧傳》中所說(shuō)隋唐時(shí)代的道綽大師，他教人們拿著念珠持誦三寶名號(hào)。佛珠本不是佛教始創(chuàng)，在佛陀時(shí)代所制的律儀亦無(wú)佛珠的記載。而佛經(jīng)記載，佛珠多出于后期的經(jīng)典，然而在律部經(jīng)典卻不見(jiàn)有記載。所以依律典的南傳佛教徒亦較少有持珠的，但在密教中佛珠卻極受重視。

手串的起源，早在佛教誕生前，印度婆羅門教的教眾就已經(jīng)開(kāi)始使用佛珠了。宗教信徒們通過(guò)對(duì)佛珠的盤捻記誦修行，佛珠便是一種輔助修心的工具，而修行的目的則是為了獲得菩提正覺(jué)，即獲得了卻塵世三千煩惱而領(lǐng)悟未來(lái)的無(wú)上智慧。有專家以為，原始佛教沒(méi)有念珠，是受婆羅門教影響。但從婆羅門教發(fā)展出來(lái)的印度教，其重要的法器就是念珠。從公元4世紀(jì)開(kāi)始，念珠就開(kāi)始流行于印度佛教中。

據(jù)佛教典籍《佛說(shuō)木槵子經(jīng)》記載，很早以前佛家便以木槵子制作佛珠，后來(lái)隨著佛教的不斷傳承發(fā)展，人們逐漸將諸多天然植物種子、果實(shí)、根莖等用于佛珠的穿制，這些珠串常常體現(xiàn)了其所蘊(yùn)含的修持內(nèi)心的深刻意義，即“菩提”之意，于是人們便開(kāi)始將這些樹(shù)籽通稱為“菩提子”。而隨著佛教的發(fā)展，菩提子的種類也在不斷發(fā)展，但均同佛教有著極深的淵源。